人間社会に紛れ込み、人を喰らう正体不明の怪人喰種（グール）が蔓延する東京。

上井大学に通う主人公・金木研は女性の喰種・神代利世に襲われ瀕死となるが、工事現場から落下した鉄骨がリゼに当たったことで捕食を免れ、一命を取り留める。しかし事故による手術の際に、喰種である利世の臓器を移植されたことで、金木は半喰種となってしまう。それ以来、カネキは苦悩と恐怖に満ちた日々を送ることになる。